Il Museo presenta caratteristiche molto particolari, sia per la sua collocazione, all'interno di un complesso monastico di origine longobarda, eretto nel sec. VIII dal re Desiderio e dalla moglie Ansa, sia per la distribuzione degli spazi espositivi, che consentono di effettuare un vero e proprio percorso lungo la multimillenaria storia della Città di Brescia.

Il complesso si estende in un sito di particolare importanza già all'epoca della "Brixia" romana, di cui restano importanti tracce nelle "Domus dell'Ortaglia", assumendo rilievo crescente nel periodo successivo alla fine del regno longobardo, dalla dominazione dei Franchi in poi. La tradizione vuole che tra le sue mura, dopo essere stata ripudiata da Carlo Magno, si sia spenta la figlia di Desiderio, sorella di Adelchi, che nell'omonima tragedia del Manzoni prende il nome di Ermengarda.

Nell'area, oltre alla basilica longobarda di San Salvatore e alla sua cripta, sorgono l'oratorio romanico di Santa Maria in Solario, il Coro delle Monache, la cinquecentesca chiesa di Santa Giulia e i chiostri.

Il percorso espositivo si estende su un'area di circa 14.000 metri quadrati e presenta opere dall'età preistorica all'epoca moderna: reperti celtici come elmi e falere, ritratti e bronzi romani, testimonianze longobarde, corredi funerari, affreschi, collezioni d'arte applicata e manufatti dal Medioevo al XVIII secolo. Tra i reperti di origine romana, oltre al materiale delle domus private, ricche di mosaici ed affreschi, risalta la grande statua bronzea della "Vittoria Alata", proveniente dal Capitolium.

Nell'edificio di Santa Maria in Solario sono poi in mostra gli oggetti provenienti dal tesoro del monastero, tra cui spiccano la Lipsanoteca in avorio e la croce lignea di re Desiderio, interamente ricoperta di cammei, pietre e metalli preziosi.